Ökokontomaßnahmen sind vorgezogene Kompensationsmaßnahmen für zukünftige Eingriffe, die von Eingriffsverursachern oder Anderen durchgeführt wurden und nach Anerkennung in einem Ökokonto eingebucht werden. Im konkreten Eingriffsfall können die Ökokontomaßnahmen dann Kompensationspflichtigen angeboten werden. Sobald eine Maßnahme zur Kompensation eines Eingriffs geeignet ist, kann sie im Rahmen des dazugehörigen Genehmigungsverfahrens als Kompensationsmaßnahme zugeordnet und aus dem Ökokonto ausgebucht werden. Dabei kommen auch Maßnahmen in Mooren in Frage.

Seit Anfang 2022 fördert das Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt Mecklenburg-Vorpommern eine klimaschonende Bewirtschaftung von landwirtschaftlichen Nutzflächen durch erhöhte Wasserstände sowie den Anbau von Paludikulturen. Ziel ist es, auf den meist stark entwässerten und über viele Jahre landwirtschaftlich genutzten Moorflächen die Emissionen klimaschädlicher Gase zu reduzieren und die verbliebene Torfsubstanz zu erhalten. Mit diesem Instrument können die Bewirtschaftenden den schrittweisen Umstieg in eine nasse Landwirtschaft erproben.