Mit seinem Hotspot-Projekt möchte der NABU Baden-Württemberg, durch investive Naturschutzmaßnahmen und eine umfassende Öffentlichkeitsarbeit, die biologische Vielfalt im Hotspot stärken und weiterentwickeln. Des Weiteren geht es um eine engere Vernetzung der Akteure, die mit Naturschutz und Landnutzung in der Hotspot-Region zu tun haben, sowie um die Aufwertung und bessere Vernetzung ökologisch besonders wertvoller Feuchtlebensräume.

Die Allgäuer Moorallianz ist ein Naturschutzgroßprojekt. Das Ziel ist der Schutz und Erhalt der Biodiversität in den Allgäuer Moorlandschaften. Zudem tragen die zahlreichen Moorschutzmaßnahmen auch zum Klima- und Hochwasserschutz bei. Die wichtigsten Handlungsschwerpunkte der Allgäuer Moorallianz dienen dazu, naturnahe Moore und Moorrandwälder zu erhalten und zu optimieren sowie torfbildende Moore zu fördern.