Die Programmlinie ist mehrstufig angelegt: Aus den Bündnissen der zweiten Förderrunde, die bis 1. Februar 2020 eine Skizze eingereicht haben, hat das Ministerium zunächst die überzeugendsten 44 Bewerbungen ausgewählt. Diese haben in der Konzeptionsphase auf ihren spezifischen Innovationsfeldern basierende regionale Innovationskonzepte erarbeitet. Im August 2021 wurden von einer Jury 23 Bündnisse ausgewählt, die in eine etwa sechsjährige Umsetzungsphase starten können.

Derzeit sind für "WIR! –  Wandel durch Innovation in der Region" keine Bewerbungen möglich.