Natürliche „nasse“ Moore sind von besonderer Bedeutung für den Klimaschutz, da sie große Mengen an organischem Kohlenstoff speichern. Entwässerte Moore wiederum emittieren diesen Kohlenstoff in Form von Kohlenstoffdioxid (CO2) in die Atmosphäre. Trotz eines geringen Flächenanteils von deutschlandweit ca. 5 % (=1,8 Millionen Hektar) tragen entwässerte Moore (unbewaldete und bewaldete) inklusive weiterer organischer Böden (Moorgleye, Anmoore, Abmoore) zu ca. 6,7 % der deutschen Treibhausgaseimissionen bei (Stand 2021). Diese Emissionen werden im Sektor Landnutzung, Landnutzungsänderungen und Forstwirtschaft (LULUCF) verbucht. Derzeit macht CO2 dabei einen Großteil (> 90 %) dieser Emissionen aus. Somit spielt der Erhalt des bereits gespeicherten Kohlenstoffes bzw. ein erneuter Zuwachs in Mooren und weiteren organischen Böden eine bedeutende Rolle für den Klimaschutz. Rund 15 % der Moorflächen Deutschlands sind bewaldet. Dies entspricht etwa 2,4 % der deutschen Waldfläche. Trotz dieses geringen Flächenanteils stellen sie einen bedeutenden Kohlenstoffvorrat dar und sind im Fall von Entwässerung eine starke CO2-Quelle. Momentan wird angenommen, dass nahezu alle bewaldeten Moore entwässert sind. Das Moorbodenmonitoring beabsichtigt die Treibhausgas-Berichterstattung an den IPCC zu verbessern, indem deutschlandweit Änderungen des Kohlenstoffvorrats in Mooren und weiteren organischen Böden sowie deren Steuerfaktoren erfasst werden. Zusätzlich sollen darauf aufbauend potenzielle Maßnahmen abgeleitet werden. Dazu wird ein bundesweites Netzwerk auf Moorstandorten und weiteren organischen Böden eingerichtet, wobei der Bereich Offenland-Moore vom Thünen-Institut für Agrarklimaschutz abgedeckt wird und der Bereich bewaldete Moore vom Thünen-Institut für Waldökosysteme.

Das übergeordnete Ziel ist es daher standortspezifische Emissionsfaktoren zu bestimmen sowie Treibhausgasflüsse zu Regionalisieren, um die deutschlandweite Treibhausgas-Berichterstattung zu verbessern. Dafür wird 1. der Kohlenstoffspeicher im Boden und im Baumbestand erfasst, und 2. in kontinuierlichen Messintervallen Kohlenstoffvorratsänderungen erfasst.

Insbesondere bei stark degradierten organischen Böden (z.B. Abmoore) stellt sich die Frage, wie groß die Kohlenstoffzehrung aus der verbleibenden Torfschicht im Vergleich zur Kohlenstofffestlegung im Baumbestand ist. Des Weiteren wird es basierend auf den Ergebnissen möglich sein standortspezifische Handlungsempfehlungen bezüglich Waldmanagement abzuleiten.