Seit den 1970er Jahren führten der Naturschutzbund Deutschland (NABU) e.V. und die Umweltstiftung WWF-Deutschland (World Wide Fund for Nature) jeweils eigene Kranichschutz-Projekte in Niedersachsen, Schleswig-Holstein und Hamburg durch. Im östlichen Deutschland haben die Mitglieder des „Arbeitskreises zum Schutz vom Aussterben bedrohter Tierarten in der DDR" im gleichen Zeitraum ein Netzwerk zur Überwachung der Kranichbrut und Rast entwickelt und betreut. Nach der Wiedervereinigung gründeten die ost- und westdeutschen Kranichschützer gemeinsam mit der Lufthansa Umweltförderung 1991 die Arbeitsgemeinschaft „Kranichschutz Deutschland". 1996 wurde die gemeinnützige Kranichschutz Deutschland GmbH mit dem NABU und dem WWF als Gesellschafter gegründet. Seit 2017 ist der NABU der alleinige Gesellschafter von Kranichschutz Deutschland. Das Zentrum heißt seitdem NABU-Kranichzentrum. Ihr Ziel ist es - neben der Öffentlichkeitsarbeit - dem Kranich eine sichere Brutheimat sowie störungsfreie Sammel- und Rastplätze in Deutschland zu erhalten und zum internationalen Kranichschutz beizutragen.