Über "chance.natur" werden Projekte in Gebieten gefördert, die im nationalen und internationalen Interesse für den Naturschutz außerordentlich wertvoll und für den betreffenden Lebensraumtyp in Deutschland besonders charakteristisch und repräsentativ sind.
Das Förderprogramm soll zum dauerhaften Erhalt von Naturlandschaften sowie zur Sicherung und Entwicklung von Kulturlandschaften mit herausragenden Lebensräumen und besonders zu schützenden Tier- und Pflanzenarten beitragen. Der Bund setzt für die Naturschutzgroßprojekte jährlich 14 Mio. € ein. Mit dem Förderprogramm, das bundesweit einen der größten Fördertitel für Naturschutz darstellt, konnte in den letzten vier Jahrzehnten in den geförderten Gebieten bedeutende Entwicklungen auch über den Naturschutz hinaus (z.B. in der Regionalentwicklung) initiiert werden. Es werden Projekte gefördert, die für den Naturschutz sowohl national als auch international von großer Bedeutung sind. Förderfähige Projekte werden anhand der Kriterien "Repräsentanz", "Großflächigkeit", "Naturnähe", "Gefährdung" und "Beispielhaftigkeit" ausgewählt. Beispielhaft muss nicht nur die naturschutzfachliche Qualität des Gebietes, sondern auch Planung, Organisation, Management und die rechtlichen Festsetzungen der Schutzmaßnahmen sein.

Die Bundesmittel werden für Maßnahmen bereitgestellt, die zur dauerhaften Sicherung der ausgewählten Gebiete beitragen. Förderfähig sind die Erarbeitung eines naturschutzfachlichen Pflege- und Entwicklungsplans einschließlich sozio-ökonomischer Untersuchungen und externer Moderation, der Ankauf von Flächen, Ausgleichszahlungen für Nutzungseinschränkungen, Maßnahmen des Biotopmanagements wie die Wiedervernässungen von Feuchtwiesen und Mooren oder die Entbuschung von Magerrasen, Informationsmaßnahmen und Erfolgskontrollen sowie Personal- und Sachkosten der Projektverwaltung.

Der Bund übernimmt in der Regel bis zu 75 Prozent der Projektausgaben. Der Projektträger erbringt regelmäßig mindestens 10 Prozent der Gesamtausgaben. Der restliche Finanzierungsanteil ist vom jeweiligen Bundesland aufzubringen. Planung und Umsetzung erfolgen in zwei eigenständigen Projekten. In einem ersten Projekt, dass in der Regel einen Zeitraum von bis zu drei Jahren umfasst, wird ein detaillierter Pflege- und Entwicklungsplan erarbeitet, in dem die naturschutzfachlichen Leitbilder entwickelt und die Ziele und erforderlichen Maßnahmen festgelegt werden. Daran schließt sich ein zweites Projekt mit einer Laufzeit von bis zu zehn Jahren an, in dem die geplanten Maßnahmen umgesetzt werden.

Natürliche und juristische Personen mit Sitz in der Bundesrepublik Deutschland können Träger der Projekte sein. Der Träger muss fachlich, personell und finanziell in der Lage sein, die Projekte qualifiziert umzusetzen und nach Abschluss der Bundesförderung fortzuführen. Über die Förderung der Projekte entscheidet das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz. Die fachliche und haushaltsrechtliche Ausführung wurde dem Bundesamt für Naturschutz übertragen. Projektvorschläge können jederzeit beim Bundesamt für Naturschutz eingereicht werden.