Aufbauend auf den erreichten Ergebnissen in Phase 1 (2008-2011), Phase 2 (2012 mit Verlängerung bis März 2013), der Phase 3 (2013-2014), 4 (2015) und den offenen Fragen sowie der weiteren erforderlichen Begleitung ergeben sich folgende Ziele für die Projektphase 5 (2016-2020):

• Beratung: Fortsetzung der Beratung von Ministerium, LfU und Regierungen bei der strategischen Ausrichtung des Programms. Insbesondere die Verschränkung von KLIP-Klassik und EFRE generiert einen Beratungsbedarf in der Ausrichtung von Projekten.
• Weitergeführte Erfassung der Klimarelevanz von Mooren (dynamische Standorte) im Laufe der Renaturierung unter besonderer Berücksichtigung potenziell hoher Anfangsemissionen und vegetationsbedingt reduzierter Emissionen durch Sukzessionsprozesse. Mooseurach, Schechenfilze. Wald auf Moor-Reduktion der Kenntnislücken.
• Konzeption, Aufbau und Durchführung von Wasserstands-Monitoring in bestehenden und zukünftigen Renaturierungsflächen: Nachrüstung von repräsentativen Gebieten mit einem Netz an automatischen und manuellen Pegeln. Verknüpfung mit Vegetationsdaten.
• Kopplung mit weiteren laufenden Untersuchungen (Abschluss Tl-Projekt organische Böden, ICOS). Hier werden u. a. auch die aktuellen Ergebnisse zu Waldemissionen aufbereitet.
• Modellierung von Austauschbilanzen auf den Messflächen. Ermittlung und Modellierung der Gesamtflächenemissionen Bayerns.
• Kontinuierliche Füllung der Moor-Renatuierungs-Datenbank.
• Erfolgskontrolle: Bilanzierung der Klimaentlastungswirkung – Effizienz der in den Jahren 2016-2020 im Rahmen von KliP 2050 durchgeführten Renaturierungsmaßnahmen für die Klimaentlastung.
• Potenzialabschätzung Moorrenaturierung: Start in ausgewählten Landkreisen (z. B. Weilheim-Schongau).
• Interkommunales und ressortübergreifendes Modellgebiet Freisinger Moos: Entwicklungsplanung mit Stufenkonzept, alternative Nutzungen, Klimarelevanz.
• moorbenefits-Zertifizierung: Etablierung von Umsetzungsprojekt (ggf. im Freisinger Moos) und Start der Umsetzung.
• Ökonomie der Moorrenaturierungen: Hier werden aktualisierte CO₂-Vermeidungskosten berechnet. Diese Ziele sind nur in Form einer engen Kooperation zwischen dem Ministerium, dem Landesamt für Umwelt, den Regierungen und dem Institut für Ökologie und Landschaft der Hochschule Weihenstephan-Triesdorf erreichbar.