Ziel des Projektes sowie bisheriger langjähriger Tätigkeiten ist es, niedermoortypische Lebensräume und Arten zu erhalten und im Bestand zu verbessern. Bereits stark veränderte Lebensräume sollen wiederhergestellt bzw. neu geschaffen werden. Durch gezielte Artenschutz-Maßnahmen und Lebensraum-Neuschaffungen wird der Biotopverbund für Zielarten verbessert. Durch Maßnahmen des Wasserrückhaltes wird der Torfrückgang reduziert oder sogar gestoppt und das gesamte Ökosystem Moor gestärkt.

Eigene und öffentliche wertvolle Niedermoorflächen werden bereits seit vielen Jahrzehnten vom Bund Naturschutz in Bayern e. V. betreut und als solche erhalten bzw. ökologisch aufgewertet. Insbesondere im Maisacher Moos werden seit 2012 Flächen in größerem Umgang angekauft und ökologisch aufgewertet. Ein engagiertes ehrenamtliches Netzwerk führt herbstliche Pflegeaktionen zur Mahd bzw. Entbuschung durch.

Seit 1991 findet im Freisinger Moos zudem eine Kooperation mit einem Bioland-Landwirt statt, der mit dem "Freisinger Moos Weiderind" Niedermoorwiesen beweidet.

Diesem vom Bayerischen Naturschutzfonds geförderten Projekt mit einer Laufzeit von 2023 bis 2027 ging ein von der Regierung Oberbayerns gefördertes Biodiversitäts-Projekt (2013-2020) im Palsweiser Moos voraus. Zudem erfolgt laufend eine projektunabhängige Betreuung von Flächen, Gutachten und Aktivitäten.

Der Baldrianscheckenfalter (Melitaea diamina) besiedelte früher die gesamte Niedermoorachse, wurde im Freisinger Moos durch Hagelschlag jedoch ausgerottet. Durch Umsiedlung von weiblichen Individuen aus einer individuenreichen Population im Erdinger Moos auf eine geeignete Niedermoorfläche im Freisinger Moos konnte dort eine kleine Population wiederaufgebaut werden. Je nach Entwicklung sind weitere Stützungen geplant.