Dabei werden in erster Linie Projekte gefördert, die einen Beitrag leisten zur:

• Erhaltung der Artenvielfalt, einschließlich der innerartlichen Vielfalt (Biodiversität),
• Förderung dynamischer natürlicher Entwicklungen (ökologischer Prozessschutz),
• Sicherung und Verbesserung der natürlichen Lebensgrundlagen (insbesondere der abiotischen Naturgüter Boden, Wasser, Luft),
• Bewahrung und Weiterentwicklung regionstypsicher Landschaften. 

Der Bayerische Naturschutzfonds fördert subsidiär zu anderen öffentlichen und privaten Fördereinrichtungen. Es werden vor allem folgende Vorhaben gefördert:

• Erwerb, Pacht und sonstige zivilrechtliche Sicherung von Flächen,
• Landschaftspflegerische, Biotop lenkende und Biotop neuschaffende Maßnahmen,
• Anwendungsorientierte Naturschutzforschung,
• Fachplanungen und Fachkonzepte,
• Gebietsbetreuung und Projektmanagement,
• Fachveröffentlichungen,
• Anstöße zum Aufbau dauerhaft-umweltgerechter Nutzungen.

Möglich sind auch Vorhaben mit kombinierten Maßnahmen der vorstehenden Förderbereiche. Über sonstige Vorhaben wird im Einzelfall entschieden. Zur Unterstützung der vielfältigen Projekte zahlt der Naturschutzfonds jährlich über 5 Millionen Euro Zuschüsse an die Maßnahmenträger aus.