Mit den Mooren im Alpenvorland steht viel auf dem Spiel: Die Schönheit und Vielfalt der Allgäuer Landschaft mit ihrem Reichtum an farbenprächtigen Pflanzen und seltenen Tierarten, aber auch die bedeutenden ökologischen Leistungen im Natur- und Wasserhaushalt und im Klimaschutz. Schon im Jahr 2007 haben die Landkreise Ober- und Ostallgäu die Bedeutung und Schutzwürdigkeit der Allgäuer Moore erkannt und seitdem über verschiedene Finanzierungen mit Moorschutzmaßnahmen adressiert (z. B. LEADER oder dem Klimaprogramm Bayern 2020), die durch die Arbeitsgemeinschaft „Allgäuer Moorallianz“ von Landkreisen, Städten und Verbänden umgesetzt wurden. Aus dem Bundeswettbewerb "chance.natur" ging die Allgäuer Moorallianz als einer der fünf Sieger hervor. Zur Umsetzung des Projektes gründeten die Landkreise Ostallgäu und Oberallgäu schließlich den Zweckverband „Allgäuer Moorallianz“.

Das derzeitige Projekt wird bis 2030 im Rahmen des Programms „chance.natur – Bundesförderung Naturschutz“ gefördert. Es beschränkt sich auf die Moore im Alpenvorland zwischen Iller und Lech. Das Projektgebiet umfasst insgesamt ca. 14.000 ha und erstreckt sich über die beiden Landkreise Oberallgäu und Ostallgäu.

Die Moor- und Streuwiesenlandschaften des Projektes zählen zu den reichhaltigsten und am besten mit Mooren ausgestatteten Gebieten Deutschlands. Im Gebiet befinden sich mehrere bundesweit bedeutsame, teilweise unbeeinträchtigte Hochmoorkerne mit weitgehend ursprünglicher und vollständiger Zonation. Die Moore im Kempter Wald sind als größtes zusammenhängendes Moorgebiet des Allgäus und aufgrund seiner ausgedehnten Bergkiefernmoore als national bedeutsam einzustufen. Regionale Besonderheiten sind die Spirkenmoore und Allmend-Moorweiden. Die Allgäuer Moore sind ein Verbreitungsschwerpunkt von Glazialrelikten wie den vom Aussterben bedrohten bzw. stark gefährdeten Arten Strauch-Birke, Zwerg-Birke, Fadenwurzel-Segge, Torf-Segge, Schlankes Wollgras und Heidelbeer-Weide.

In den letzten 10 Jahren konnten einige erfolgreiche Renaturierungsprojekte im Ost- und Oberallgäu stattfinden, so im Seemos (Oy-Mittelberg), im Räsenmoos (Marktoberdorf) und im Heggener Moos (Stötten a. Auerberg). Seit Abschluss der Bauarbeiten im Seemoos und Räsenmoos wird die Entwicklung des Wasserhaushalts durch Pegel gemessen. Eine Anhebung des Wasserstands ist deutlich zu erkennen, außerdem haben sich großflächig verschiedene Torfmoose, Sonnentau und Binsen sowie einige Libellen- und Schmetterlingsarten wieder angesiedelt. Die seit 2013 umgesetzten Maßnahmen werden umfangreich evaluiert.