Die inhaltliche Zusammenarbeit der PaludiZentrale mit den Pilot- und MuD-Vorhaben im PaludiNetz erfolgt in den Arbeitsgruppen (AGs), die jeweils einem Arbeitspaket der PaludiZentrale zugeordnet sind und sich aus den jeweiligen Fachleuten der Pilot- und MuD-Projekten zusammensetzen. TV2 leitet oder ist beteiligt an folgenden AGs:

• AG Planung und Genehmigung
• AG Landwirtschaft
• AG Verwertung und Vermarktung
• AG Kommunikation und Wissenstransfer (geleitet von TV3)
• AG Biodiversität
• AG Betriebswirtschaft (mit Beteiligung von TV1)
• AG Treibhausgase (geleitet von TV1)
• AG Sozioökonomie (geleitet von TV1)

Die erstgenannten drei AGs umfassen v.a. Themen der praktischen Umsetzung und dienen dem Austausch von Erfahrungen, dem Beschleunigen der Umsetzung der Vorhaben und dem Vermeiden bekannter Fehler. In der AG Kommunikation und Wissenstransfer geht es um Kommunikation und externe Vernetzung, sowie um Wissenstransfer und Kapazitätsaufbau, was u.a. die Organisation von Experten-Fachworkshops, Summer Schools, bundesweiter Tagungen und Info-Veranstaltungen umfasst. Die AGs Biodiversität, Betriebswirtschaft, Treibhausgase und Sozioökonomie dienen v.a. der Koordination, Harmonisierung und übergreifenden Auswertung der wissenschaftlichen Begleituntersuchungen im PaludiNetz.

Ziele des Verbundvorhabens sind die Vernetzung der Pilot- und MuD-Vorhaben im PaludiNetz, die Koordination übergreifender Arbeiten und die Abstimmung der Methodik der ökonomischen und ökologischen Begleituntersuchungen, die Gewährleistung von Einheitlichkeit und Vergleichbarkeit der in den Vorhaben erhobenen Daten, die übergreifende Auswertung der Ergebnisse und die Erarbeitung von Handlungsempfehlungen, sowie der gezielte und zeitnahe Transfer der wissenschaftlichen Erkenntnisse in Praxis und Gesellschaft.