Die Entwicklungsziele des Naturschutzgroßprojektes Baar sind die Sicherung und Optimierung von Flächen für den Arten- und Biotopschutz, die Förderung des Biotopverbundes, aber auch ein aktiver Beitrag zum Klimaschutz. Durch den Schutz alter Wälder und intakter Moore, durch die Renaturierung entwässerter Moore und Feuchtgebiete sowie die Nutzungsextensivierung auf Moorstandorten soll ein nachhaltiger Beitrag zur Reduktion der Treibhausgas-Emissionen in der Region geleistet werden. Auf der Baar gibt es keine Moore mehr, die nicht durch Melioration, Torfabbau oder Aufforstungen geschädigt wurden. Viele der geringmächtigen Niedermoore wurden entwässert und werden heute als Grünland oder Acker genutzt. Das übergeordnete Ziel der Maßnahmen im Moor ist die hydrologische Stabilisierung von ombrotraphenten (Bezeichnung für Moore, die durch nährstoffarmes Niederschlagswasser gespeist werden) Heidemooren, Zwischenmooren und von Moorwäldern. Dies geschieht, um eine weitere Mineralisierung der Torfe zu verhindern und wieder Moorwachstum zu ermöglichen. Neben der Wiedervernässung ist die Verringerung von Nährstoffeinträgen in die empfindlichen Moorflächen sowie die Beseitigung von aufkommenden Gehölzen in den sumpfigen und moorigen Gebieten angestrebt. Brach gefallene Flächen sollen wieder in die geregelte Nutzung genommen bzw. in Richtung "junger Brachen" in den offenen Niedermooren gesteuert werden.