Durch die gesetzliche Einführung der Ökokontoregelung sollen Verzögerungen im Eingriffsgenehmigungsverfahren vermieden und die Qualität von Kompensationsmaßnahmen verbessert werden. Die Anerkennung von Ökokontomaßnahmen erfolgt auf Antrag (Formular) durch die zuständige Naturschutzbehörde. Wer beabsichtigt, Ökokontomaßnahmen durchzuführen, sollte frühzeitig, also vor der Maßnahmenplanung, Kontakt mit der örtlich zuständigen Naturschutzbehörde aufnehmen. In der Regel sind das die unteren Naturschutzbehörden der Landkreise und kreisfreien Städte. Anerkannte Ökokontomaßnahmen können im öffentlich zugänglichen Kartenportal Umwelt auf der Homepage des Landesamtes für Umwelt, Naturschutz und Geologie eingestellt werden. Dadurch besteht für Maßnahmenträger die Möglichkeit, ihre Maßnahmen öffentlich anzubieten. Eingriffsverursacher können sich über verfügbare Kompensationsmaßnahmen informieren sowie Kontaktdaten des Anbieters erhalten.

Seit 2015 ist die Landgesellschaft M-V anerkannte Flächenagentur des Landes Mecklenburg-Vorpommern (nach § 14 ÖkoKtoVO M-V). Sie verwirklicht in fast allen Naturräumen des Landes Mecklenburg-Vorpommern - darunter auch Moore - eine breite Palette naturschutzfachlicher Kompensationsmaßnahmen und Ökokonten, von Planung über Umsetzung und Vermarktung bis hin zur nachhaltigen Pflege.