Der Fonds fördert derzeit zwei verschiedene Segmente: 

1. die klassische Renaturierung von Mooren (Hoch- und Niedermoore) durch Kauf der Flächen und 
2. die Umstellung landwirtschaftlich genutzter Moorflächen auf eine Nassbewirtschaftung mit der NABU-Förderung Klima+ (für landwirtschaftlich genutzte Moorflächen/extensiv genutztes Grünland).

Landwirtschaftsbetriebe, die auf ihren Moorflächen hohe Wasserstände einstellen können und wollen, werden dabei anders als bei den meisten Förderprogrammen der Länder direkt für eingesparte Tonnen CO2 honoriert. Bereits bei 10 Tonnen CO2-Emissions-Einsparungen können z.B. somit pro Hektar 650 EUR jährlich erzielt werden. Mit dem NABU-Klimafonds werden mehrere Gruppen angesprochen: Zum einen Landwirt*innen und Landeigentümer*innen, die Moorflächen besitzen oder bewirtschaften und mit Unterstützung – sowohl finanziell als auch fachlich – diese Flächen wiedervernässen wollen. Im Überbau sollen durch den Klimafonds vorausschauende und innovative Unternehmer*innen gewonnen werden, die zum Gelingen des NABU-Klimafonds beitragen und somit zu einem echten Klimaunternehmen werden.